Początkiem lat 90. w codziennej działalności różnych wydziałów AGH coraz ważniejsze miejsce zajmowały problemy oddziaływania przemysłu, tworzonych instalacji, infrastruktury i urządzeń ze środowiskiem. Stąd, na każdym z tych wydziałów obecne było grono osób zajmujących się problematyką ochrony środowiska. Aby zintegrować działania tych osób i ułatwić wdrożenie efektów ich prac podjęto decyzję o stworzeniu w AGH jednostki zajmującej się kompleksowo ochroną i inżynierią środowiska. Początki działalności Grupa inicjatywna, złożona z dziekanów wydziałów: Geodezji Górniczej i Inżynierii Środowiska (WGGiIŚ), Geologii Geofizyki i Ochrony Środowiska (WGGiOŚ), Górniczego (WG) oraz Inżynierii Mechanicznej i Robotyki (WIMiR), opracowała koncepcję działalności takiej właśnie centralnej jednostki integrującej problematykę inżynierii środowiska, jego ochrony a zarazem rozwoju techniki – zrównoważonego rozwoju w rozumieniu prof. W. Goetla. Starania te zaowocowały powstaniem Szkoły Ochrony i Inżynierii Środowiska im. Walerego Goetla w Akademii Górniczo-Hutniczej. Formalnie początkiem istnienia Szkoły Ochrony i Inżynierii Środowiska, w dalszej części tekstu nazywanej dla uproszczenia Szkołą, jest dzień 25 czerwca 1992 roku. Wtedy to Senat AGH przyjął uchwałę powołującą Szkołę, jednocześnie zatwierdzając Zasady Działania Szkoły, czyli wstępną wersję regulaminu działania tej jednostki. Na podstawie tej uchwały JM Rektor AGH, prof. Jan Janowski, wyznaczył pełnomocnika rektora do utworzenia rady Programowej Szkoły w osobie profesora Jana Gocała z Wydziału GGiIŚ.
Powrót z wyprawy ratunkowej w Granatach w 1909 roku, od lewej: A. Schiele, Chmielowski, Borkowski, Staniszewski, W. Goetel
We wrześniu 1992 roku JM Rektor powołał Radę Programową i Przewodniczącego Rady Programowej Szkoły w osobie prof. Jerzego Chwastka z Wydziału GGiIŚ, a na posiedzeniu Rady Programowej Szkoły w styczniu 1993 r. wybrano Kierownika Szkoły w osobie profesora Józefa Gęgi – prodziekana Wydziału Inżynierii Mechanicznej i Robotyki. Rada Programowa Szkoły, skupiająca początkowo przedstawicieli dziewięciu wydziałów AGH, które wyraziły chęć działania w ramach Szkoły, początkiem 1993 r. opracowała Regulamin Szkoły, który został nadany przez JM Rektora AGH i obowiązywał do 2014 roku, kiedy został uaktualniony i dostosowany do bieżących uwarunkowań. Obecnie obowiązuje regulamin z 2020 roku.
W myśl statutu AGH, zarówno tego z okresu powstania Szkoły jak i z dn. 25 czerwca 2015 z poprawkami z dn. 29 marca 2017, Szkoła była jednostką pozawydziałową (dawniej międzywydziałową), obsługującą i wspierającą działalność dydaktyczną i naukowo-badawczą. Od stycznie 2020 Szkoła jest częścią Katedry Systemów Energetycznych i Urządzeń Ochrony Środowiska na Wydziale Inżynierii Mechanicznej i Robotyki AGH.
Pierwszym lokalem Szkoły był służbowy pokój jej kierownika – prof. Józefa Gęgi w pawilonie D4 – Hali Technologicznej, współdzielony z innymi pracownikami WIMiR. Dzięki uprzejmości kierownika Katedry Mechaniki i Wibroakustyki WIMiR – prof. Zbigniewa W. Engela, udało się pozyskać pomieszczenie o powierzchni 20 m2 w pawilonie D1, które zaadaptowano i umeblowano dzięki pozyskaniu skromnych środków od sponsorów. Uruchomienie odpłatnej działalności dydaktycznej (studia podyplomowe) pozwoliło na uzyskanie środków finansowych, dzięki którym możliwe było wynajęcie od Wydziału Metalurgii dwu pomieszczeń o łącznej powierzchni 90 m2 w pawilonie B4. W ramach redukcji kosztów, w roku 2003 nastąpiła przeprowadzka do pok. 21A w paw. B2 (współdzielonego z WIMiR). W roku 2005 sekretariat Szkoły przeniósł się do pok. 40 w paw. D4, a w roku 2009 do pok. 202 w paw. B3. Obecnie Szkoła ma siedzibę w pok. 117a w paw. B3.
Pierwszym Przewodniczącym Rady Programowej Szkoły był, jak wspomniano prof. Jerzy Chwastek z Wydziału Geodezji Górniczej i Inżynierii Środowiska. Pełnił tę funkcję przez dwie kolejne kadencje: 1992–1996 oraz 1996–2000. Profesor Chwastek wraz z kierownikiem Szkoły – prof. Józefem Gęgą oraz z-cą kierownika – prof. Stanisławem Mitkowskim – prorektorem AGH oraz Prezydium Rady Programowej Szkoły, wytyczył kierunki i sposoby działania Szkoły. W tej kadencji Szkoła nawiązała kontakt z Uniwersytetem Florydzkim, wykonano kilkanaście prac naukowych i ekspertyz, powstały dwa studia podyplomowe („Ochrona i inżynieria środowiska” oraz „Ekologiczna eksploatacja maszyn i pojazdów”), powstało w Szkole Centrum Informacji Ekologicznej wraz z biblioteką oraz podejmowano inne działania statutowe Szkoły.
Przez kolejne trzy kadencje: 2000–2004, 2004–2008 i 2008–2012 Przewodniczącym Rady Programowej Szkoły był uczeń profesora Goetla – profesor Jan W. Dobrowolski – kierownik Uniwersytetu Otwartego w AGH, kierownik Katedry Biotechnologii Środowiskowej WGGiIŚ AGH, Wiceprzewodniczący Kom. Geod. i Inż. Środowiska PAN. Wraz z kierownictwem Szkoły (od. 2001 kierownikiem Szkoły był prof. Włodzimierz Kowalski, a od 2004 zastępcami byli: prof. Mariusz Holtzer i dr Bolesław Karwat) intensywnie poszerzał działania Szkoły. Nawiązano intensywną współpracę z przedstawicielami Polonii z Francji, Niemiec, Szwajcarii i Włoch. Zapoczątkowano bardzo udaną i cieszącą się dużą popularnością serię konferencji „Ochrona i Inżynieria Środowiska – Zrównoważony Rozwój”. W tej kadencji powstały następujące studia podyplomowe: „Odnawialne zasoby i źródła energii”, „Zarządzanie ochroną środowiska” i „Logistyka gospodarki odpadami”. Pozyskano dofinansowanie UE do dwóch studiów.
Od roku 2012 Radzie Programowej Szkoły przewodniczy Profesor Mariusz Holtzer z Wydziału Odlewnictwa AGH, zaś kierownictwo od 2013 r. pełni dr hab. Marian Banaś, zastępcami zaś byli: dr Krzysztof Kołodziejczyk, dr hab. Rafał Dańko – prof. AGH, a od 2016 r. są: dr hab. inż. Krzysztof Kołodziejczyk, dr hab. Maria Maj – prof. AGH. W tej kadencji powstało studium podyplomowe „Uwarunkowania i czynniki procesu reindustrializacji”, kontynuowano cykliczną konferencję „Ochrona i Inżynieria Środowiska – Zrównoważony rozwój” – cztery edycje, rozpoczęto propagowanie idei prof. Goetla w ramach Festiwalu Nauki i Sztuki w Krakowie.
Działalność dydaktyczna szkoły to prowadzenie kursów i studiów podyplomowych z szeroko pojętej problematyki ochrony i inżynierii środowiska.
Głównym studium jest dwusemestralne studium „Techniczne i administracyjne aspekty ochrony i inżynierii środowiska” mające już 31 edycji, prowadzone w latach 1993-2020 pod nazwą „Ochrona i inżynieria środowiska”. Autorem programu i pierwszym kierownikiem był prof. Józef Gęga. W latach 2001-2015 kierownikiem studium był profesor Włodzimierz Kowalski. Od roku 2016 funkcję tę pełni profesor Marian Banaś. Studium cieszy się dużą popularnością – co roku Szkoła ma komplet słuchaczy tego studium, a jego absolwenci pracują w działach ochrony środowiska w dużych korporacjach, średnich i małych firmach, administracji samorządowej, a także we własnych firmach związanych z ochroną środowiska.
Kolejnym, niezwykle atrakcyjnym i popularnym wśród słuchaczy studium podyplomowym jest dwusemestralne studium „Odnawialne zasoby i źródła energii” prowadzonym od roku 2004 i mającym już 18 edycji. Autorem programu i pierwszym kierownikiem tego studium był prof. Jacek Zimny. Od roku 2015, w związku z przejściem prof. Zimnego na emeryturę, kierownikiem tego studium jest prof. Antoni Kalukiewicz. Studium to również cieszy się dużą popularnością, co roku rekrutuje się komplet słuchaczy. Studium oferuje współczesną wiedzę z zakresu odnawialnych źródeł energii oraz formalnych i prawnych wymagań związanych z ich eksploatacją i stosowaniem, wychodząc naprzeciw prawodawstwu krajowemu i unijnemu, co powoduje, że jego absolwenci łatwo znajdują pracę m.in. jako konsultanci ds. zasobów energetyki odnawialnej, zrównoważonego rozwoju w jednostkach gospodarki i administracji.
Inne prowadzone w Szkole studia to: „Logistyka gospodarki odpadami” – którego kierownikiem i autorem programu był prof. Edward Michlowicz, „Uwarunkowania i czynniki procesu reindustrializacji” – autor programu i kierownik – prof. Tadeusz Pindór. Wspomnieć należy również o studiach „Zarządzanie ochroną środowiska” autorstwa i kierownictwa prof. Leszka Preisnera oraz „Ekologiczna eksploatacja maszyn i pojazdów” autorstwa prof. J. Gęgi i prof. Lecha Bukowskiego, który był jego kierownikiem.
Po akcesji Polski do Unii Europejskiej Kierownictwo Szkoły podjęło działania mające na celu pozyskanie funduszy unijnych przeznaczonych na lata 2004–2006 na dofinansowanie prowadzonych w szkole studiów podyplomowych. W roku 2005 złożono wniosek do Polskiej Agencji Rozwoju Regionalnego o dofinansowanie w wysokości 80% studiów podyplomowych „Odnawialne zasoby i źródła energii”, a z końcem 2005 roku została podpisana z Polską Agencją Rozwoju Regionalnego umowa o dofinansowanie realizacji projektu w ramach SPO RZL 2004–2006 – tytuł projektu „Studia podyplomowe na temat «Odnawialne zasoby i źródła energii»". Projekt zakładał przeprowadzenie dwóch edycji studiów dla pracowników małych i średnich przedsiębiorstw. We wrześniu 2007 roku Szkoła została wyróżniona przez PARP propozycją rozszerzenia umowy i przeprowadzenia trzeciej edycji w/w studiów. Realizację projektu zakończono w czerwcu 2008. W roku 2009 r. złożono wniosek do Polskiej Agencji Rozwoju Regionalnego o dofinansowanie w wysokości 80% studiów podyplomowych „Odnawialne zasoby i źródła energii” oraz studiów podyplomowych „Ochrona i Inżynieria Środowiska.” Wniosek oceniono pozytywnie i we wrześniu 2009 roku została podpisana z Polską Agencją Rozwoju Regionalnego umowa o dofinansowanie realizacji projektu w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki Priorytet 2.1.1 Rozwój kapitału ludzkiego w przedsiębiorstwach – tytuł projektu „Studia podyplomowe z zakresu Inżynierii Środowiska”. Projekt zakładał przeprowadzenie trzech edycji studiów podyplomowych ”Odnawialne zasoby i źródła energii” oraz trzech edycji Studiów Podyplomowych „Ochrona i inżynieria Środowiska.” Projekt ten trwał do 2012 r.
Ważnym elementem działalności dydaktycznej Szkoły była działalność w ramach umowy o współpracy podpisanej pomiędzy Akademią Górniczo-Hutnicza a Uniwersytetem Florydzkim przez zespoły wykładowców amerykańskich i pracowników naukowych z AGH. W ramach tej współpracy w maju i czerwcu 1994 r. przeprowadzono kursy szkoleniowe nt. „Zintegrowanej gospodarki odpadami stałymi" z sesjami w Krakowie i Dąbrowie Górniczej. Uczestnicy tych kursów otrzymali certyfikaty ukończenia kursu wydane przez Uniwersytet Florydzki.
W latach 2006–2007 organizowano kursy inżynierskiego oprogramowania do projektowania parametrycznego systemów mechanicznych CAD-CAM, Solid-Works, Pro Engineer, w których razem uczestniczyło około 250 słuchaczy.
W latach 2007–2008 Szkoła była współorganizatorem kursów dla audytorów energetycznych budynków mieszkalnych i użyteczności publicznej, w których wzięło udział około 40 słuchaczy.
Obecnie Szkoła jest częscią Katedry Systemów Energetycznych i Urządzeń Ochrony Środowiska
Wydziału Inżynierii Mechanicznej i Robotyki